Выявлена связь работы ArcMap и ArcCatalog с файлами C:\Users\<username>\AppData\Roaming\ESRI\Desktop10.x\ArcCatalog\ArcCatalog.gx и C:\Users\<username>\AppData\Roaming\ESRI\Desktop10.x\ArcToolbox\ArcToolbox.dat.
Со временем ArcCatalog.gx растет и его можно удалять (теряя настройки ArcCatalog) после этого ПО начинает работать быстрее.
В ArcToolbox.dat пишутся промежуточные шаги редактирования моделей, возможно, какие-то результаты геообработки. Так или иначе, но при активном использовании геообработки этот файл растет (с сотен килобайт до сотен мегабайт) и тоже тормозит работу. Его тоже следует удалять. Правда, при этом удаляются и свои инструменты, если они созданы не в сторонних БГД, а просто в дереве инструментов.
Помимо указанных файлов имеет смысл также удалить все файлы, из каталога хранения временных файлов TEMP. Определить местоположение каталога TEMP можно, если в окне командной строки набрать set. Команда выведет все пользовательские и системные переменные. Местоположение каталога TEMP будет указано в переменной TEMP.
После указанных действий ArcMap и ArcCatalog, как правило, начинают работать быстрее.
Спасибо нашим пользователям, уже не помню, кому конкретно.